因為論文門惹得一身腥的國安局長陳明通，主動以「沉潛休息」為由，請辭獲准，新任國安局長將由外交部次長蔡明彥接手。民進黨立委許智傑：「尊重陳明通局長配合內閣改組的調整，做沉潛休息的決定，敗選不是一個人的責任而已，全黨都要一起反省、檢討改進。」國民黨立委江啟臣：「陳明通下台是可以預期，綠營也擔心他成為未來2024大選的一個提款機，可以想見蔡明彥接任局長，未來挑戰其實還是相當多。」
攤開蔡明彥資歷，國際政治及戰略學者出身，曾任國防部陸委會諮詢委員、國安會副祕，其中以駐歐盟兼駐比利時代表、外交部次長等經歷最廣為人知，過去接觸外交體系居多的蔡明彥，這回轉戰屬軍系的國安局，要如何快速適應確實挑戰不小。台大政治系教授左正東：「他（蔡明彥）過去沒有跟中國相關的工作經驗，所以如何去統整跟中國的情報工作，他能不能有效判斷情報來源的正確性。」
外交官轉當情報頭子讓人跌破眼鏡，但其實蔡英文非首次任用非軍職，前局長陳明通同樣也是學者出身。台大政治系教授左正東：「從陳明通到蔡明彥，可以感覺到蔡總統就這國安體系，其實她的信任是不夠的。」但除了國安局長外，外交部長吳釗燮、國防部長邱國正、國安會祕書長顧立雄、陸委會主委邱太三等，目前都規劃留任，總統最後任期，蔡英文重整國安體系，因應詭譎多變的台海情勢。
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