金門地檢署於3月10日獲知陳嘉壎相關訊息後，即先主動分軍他案辦理，並指揮金門憲兵隊、法務部調查局福建省調查處等單位組成專案小組進行查證。金門憲兵隊於14日將卷證移送至金檢，專案小組為釐清事實，旋即進行各項必要調查，在今天以涉嫌違反陸海空軍刑法等罪嫌，對陳嘉壎發布通緝，是否涉有其他罪嫌，相關偵查作為仍持續進行。

陳嘉壎遭通緝後，檢方便可依兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議，透過法務部國際暨兩岸事務司和中國公安協商，將他遣返回金。陳嘉壎的父親仍未和兒子聯繫上，對於金防部的長官和弟兄感到抱歉，透過媒體向兒子喊話「等你回來，自己面對」，並稱若兒子平安歸台，「一定要打斷他的腿」。