蕭君平在南部醫界小有名氣，臉書常分享參與醫學相關演講的資訊。2020年10月，夫婦倆以1,275萬元，買下高雄三民區一間屋齡50年的3層樓透天厝，登記在妻子秦芷菁名下，再由蕭君平出面和承包商簽約，擴增改建成4層樓共7間出租套房。

由於該物件與鄰屋採共用牆式建築，也就是傳統的整排透天，2021年1月施工前，蕭秦夫妻曾拜訪鄰居，包括年過7旬的陳姓屋主。陳翁向《鏡週刊》投訴，他當時就建議，因房屋老舊，希望對方動工前能請專業人士鑑定，避免日後糾紛，蕭秦夫妻卻直接表示不用，承諾「鄰損會負責到底」。

沒想到動工不到一個月，塵土飛揚和噪音不說，陳家牆壁出現60多處裂痕，櫃中物品被震落毀損，陳翁更因清灰塵而從鋁梯跌下，秦芷菁簽切結書允諾賠償。然而隨著改建工程進行，陳家人發現共同壁遭破壞，下雨就漏水，到隔壁工地一看，竟發現蕭秦將房屋的承重牆拆除，擔心房屋結構遭破壞，老夫妻聲稱因此出現身心問題，一度在外租屋。

2021年7月，陳家認為屋損嚴重，經建築師鑑定後建議，要求蕭秦停止施工，遭拒後又向高雄市政府工務局提出違法增建檢舉，工務局查看後認定確實為新違建，排入拆除程序。同年8月，雙方面對面討論漏水修繕問題時又發生口角，蕭嗆聲「以前我是在𨑨迌（台語，暗指在黑道闖蕩）」，陳翁提告恐嚇及毀損，蕭秦則反檢舉鄰居家後方也有違法增建，又擅闖他們施工中的房屋拍照，侵害他人隱私且涉及無故侵入住宅罪提告等反制。

另外，雖然高雄工務局去年將蕭秦房屋增建中被認定為違建的部分，在各樓層地板挖出一個個大洞，不過據查，蕭秦已請包商復工重建，去年底完工並將房屋以買賣名義，改登記為一家醫材公司所有，開始在租屋網以每間約一萬元的價格出租。

高雄醫學大高層在糾紛爆發後得知此事，但因非屬醫療疏失，並未介入此事。目前雙方的訴訟及檢舉大戰，檢察官均認為不構成犯罪，均予不起訴，違建及鄰損部分，蕭君平夫婦買入這棟房改建及增建後，曾因被認定有違建而拆除，後來又復建出租，高雄市工務局接獲檢舉正查辦中，鄰損案則仍由法院審理中。《鏡週刊》報導，秦芷菁醫師對此回應，夫妻從一開始就想好好處理，多次協商未果，未來如何處理將尊重司法審理，希望能圓滿解決。