國民黨發言人楊智伃等人9月間召開記者會，指控何博文2003年在淡江大學國際事務學院的法學碩士論文，涉嫌抄襲其他2本碩士論文，楊智伃隨後帶著所有何博文抄襲的資料、證據及論文，向淡江大學提出檢舉。

何博文則反駁，經快刀系統比對，論文前半部相似度17.35%，後半部相似度11.97%，整部論文相似度平均14.66%、比對相似度低於15%，未逾越淡江大學獲得碩士學位的標準，相似部分大部分為文獻回顧及資料引用。

淡江大學歷經長達3個月的審查，昨（27日）回函楊智伃，該案經校方今年11月16日國際事務學院專案調查小組會議，以及12月14日教務處專案審議會議決議，被檢舉人何博文違反學術倫理屬實，撤銷其法學碩士學位。

對於淡江大學相關裁決，何博文表示，對於淡江大學學倫會的決議，本人尊重。至於是否影響選情，他稱之前正式登記參選立委時，未登錄該學經歷；對於學倫會的結果，雖然內心不免遺憾，但是尊重母校的裁決。