黃玉霖也強調，台灣民主基金會是台灣政黨合作的典範，董事長依慣例由立法院長擔任，執行長則尊重主管機關外交部的行政權責，並以民主協商產生提名人選，行之有年。他也呼籲，執行長人選，應該趕快回到政黨合作的軌道上，以民主協商的傳統和慣例來處理，千萬不可因人設事。