監察院指出農業部5項缺失，包括第一，農業部2022年委託畜產會辦理雞蛋緊急調度與產銷調節計畫，畜產會卻在超思尚未設立登記前，就和該公司合作進行雞蛋採購作業；第二，畜產會對於超思進口的日本雞蛋數量、品質，沒有進行驗收，甚至以事後回填方式填寫「履約情形確認書」，核對購買數量。
第三，2023年巴西雞蛋進口專案，畜產會容許超思公司未依巴西雞蛋供應方開立的報價文件，分批向畜產會請款，違反合約規定；第四，畜產會沒有確實核對超思公司提供的交易憑證正確性，直接依照超思提供的錯誤單據支付款項。
最後，農業部疏於掌握政策鼓勵下，企業已自行進口7,000萬多顆雞蛋，農業部也沒有察覺國內雞蛋產量已經逐漸回穩，導致5,429萬顆雞蛋過期，衍生冷凍倉儲、銷毀等費用，共計9,130萬元，如果再加上雞蛋採購平均成本每顆7.6元，整理損失費用高達5億2,997萬多元。監察院調查報告中指出，畜產會在過程中有缺失，農業部也有失監管之責，相關人員違失責任部分，因為檢調仍在偵辦中，監察院將會另案處理。
