據《上報》先前報導，賴清德與日本關係密切，但先前多次舉動卻讓日本政府感到困擾。報導中指出賴清德於副總統任內，赴日參加前首相安倍晉三的奔喪行程時，臨時要求出席中國駐日大使也在場的活動，讓日本政府非常頭大。
報導更指出，賴清德在2024年總統選舉期間倡議台日應建立軍事對話機制，觸動日本敏感議題，因為根據日本在二戰後的憲法不能擁有軍隊，賴清德相關的連續作為，讓向來保守、傳統的日本文官系統「心有餘悸」，並非完全放心。
對此，總統府發言人郭雅慧今（7日）表示，相關報導內容為憑空臆測，賴總統是以至親摯友身分獲邀專車直入會場，相關行程完全是依照台日雙方的審慎安排，並無任何突發情況，只要參考當時國內外媒體的相關報導，即可了解。
郭雅慧指出，賴總統上任以來，日本各界人士與賴總統頻繁互動，台日友好不言而喻，而日本首相岸田文雄近期也透過社群媒體表示，台灣是與日本共享自由、民主、人權等基本價值的重要夥伴，雙方的「Kizuna-心靈連結」將繼續深化。
