教育部8月底表示，初估4所大專院校113學年度沒有回流的名額，以真理大學432名最多、佛光大學276名，文化大學93名、大葉大學69名。事發後，真理大學校長陳奇銘被董事會解任，佛光大學校長何卓飛日前也向董事會提出請辭負責，文大校長王子奇在媒體多次報導後，表示「會依照程序負起應有行政責任」，唯獨大葉大學校長方文昌沒有動作。
而大葉大學多位校內教師指控，校長方文昌事發後，不僅封鎖校內消息，不讓老師知道，對於談論此事的教師，甚至透過減課或調單位方式來修理。不過，方文昌12日發了封給教職員公開信，提及受少子（女）化衝擊，缺額人數或缺額率成為媒體報導焦點，為了避免大葉大學因缺額招致負面形象，才參考他校作法，未完全回報，坦承作法欠缺周詳思慮，向大家道歉，已回函向教育部說明，等待教育部作成最終處分後由董事會議處。
一名教授表示，方文昌早在上任前就被高教工會指控有學倫問題，公開信恰好證實「校長是知情還作假」，這樣沒誠信的人，沒有資格擔任大葉校長，應該下台負責。另一名教師也指出，董事會預計下週五（20日）開會，已有教授向董事會監察人寄出存證信函，請董事會查證此事，該師認為，從方文昌公開信中坦承知情後還虛報，這樣的人沒有資格領導大葉，希望董事會能將方文昌解聘，換一個更適合的校長來領導大葉，同時呼籲教育部，針對方文昌違規行為秉公處理。
高教工會研究員陳柏謙指出，4校說法幾乎都解釋為「別人都有做，我只是學其他學校，我以為這樣是可以的」，並非真心認為有錯，而校長們身為高等知識份子，竟然做出這種虛報缺額的離譜狀況，應該知所進退。
教育部表示，已經收到4間學校檢討報告，經查文化及大葉大學在113學年度為初次未將名額全數回流，而真理及佛光並非初次違反規定，教育部將依個別學校違規情節輕重情形，作為調減114學年度招生名額總量、扣減相關獎補助經費及懲處相關人員的參考依據。
