日前民眾持錄音檔檢舉，控陳素芬職場霸凌，不僅用高分貝音量飆罵部屬，還會以情緒字眼交辦工作，員工請特休還會挨酸「乾脆辦退休」等，有員工因不堪長期受辱患上身心疾病。面對指控陳素芬則否認，強調只是口氣嚴厲，主管機關教育部則在10月30日介入調查。
教育部27日公布調查結果，在經過專案小組評估後，認為陳素芬在內部管理及部屬指揮監督方面，已不適合繼續擔任機關首長職務，建議儘速調整陳館長職務。教育部也著手將陳調任教育部非主管職務，專案小組也將持續調查職場霸凌是否成立，完成後另行公布調查結果、相關責任及處理措施。
據教育部人事處網站顯示，陳素芬昨（28日）起調任到教育部參事室參事，她昨晚間也退出原職位相關工作群組，海科館長職務則由教育部督學王明源代理，並於今（29日）到任，他表示，今日剛到海科館代理館長，主要是以表達教育部關心館內同仁，希望同仁能安心工作，並協助館內繼續正常運作，目前，就暫不對外發表想法，謝謝外界關心，十分感謝。
