北檢指出，柯文哲在擔任台北市長時，產發局長林崇傑表示，看到柯文哲手諭批示對京華城的陳情「怎麼做，快就好」，第一個感覺就是「不爽」，認為京華城藉此施壓，但柯文哲是很強勢的市長，產發局只能同意。另外，2024年5月媒體開始報導京華城案時，柯文哲曾建議黃珊珊去找時任副市長的彭振聲，定調京華城案就解釋成「共識決」，可見柯有串證行為。

檢方認為，柯文哲曾經是「全國最有權勢的人之一」，對於本案被告、證人有實質影響力，柯還在交保後的直播中公開表示，「我認為公務員不會故意去做違法的事」，就是企圖「隔空影響公務員」，認為柯有串證行為。

對此，柯文哲當庭反駁，「公務員以不坐牢為原則」是他的口頭禪，要求違法的事不要做，怎麼會是意圖串證？柯批評，檢方偵辦此案動作太大、下不了台，才會扭曲證據解讀，並放話檢方要關柯文哲就明講，「難道我被關進看守所，小草就一瞬間沒聲音了嗎？」

柯文哲指出，若用通訊軟體發達，作為有勾串可能的羈押理由，那台灣從現在開始，沒有「交保」這個選項。法官則表明，先前交保裁定，不認為有勾串之虞就有繼續羈押必要，僅在主文提醒被告，如果不當接觸同案被告、證人，依法會構成再羈押事由。