李慧芝指出，立法院審議混亂且重複提刪凍案，導致行政院主計總處難以估算。主計總處說明，依立法院院會通刪決議內容原文提及「如總刪減數未達939億7,500萬元，另予補足」。然而，按照通刪決議所列科目及比率，計算之通案刪減數為301億元，加計委員會審查刪減67億元，以及院會表決提案刪減1,068億元，總計刪減1,436億元，已超過決議中所述「總刪減數」的939億7,500萬元額度。
此外，立法院在說明中提及，「除歲出部分減列1,135億9,925萬9,000元外，通案統刪不低於939億7,500萬元，由行政院核實辦理各機關通刪項目之預算調整減列」，按照主計總處提供資訊，與立法院原決議內容完全不符，本預算案整體審議尚有待釐清之處，政院無法接受。
總統賴清德在臉書發文指出，此次立法院大幅刪減預算，對政府的影響史無前例，呼籲在野黨再次審慎思考，避免影響國家穩定運作。
