陸委會掌握相關情資，清華大學校友會跟中國廈門市政府、北京清華大學，共同設立清華海峽研究院，未經許可從2016年起，在台灣清大校內設立新竹辦公室，為其總部在台從事技術研發、攬才、投資等業務。

8日立法院外交及國防委員會備詢，時代力量立委陳椒華問及此事，陳進廣表示，該事件國安局以及其他相關單位之前就有所掌握，並把情況告訴相關部會應處，至於其他學校是否也有類似情形？陳進廣說，如果是正常的交流，國安局都會尊重，但只要涉及滲透情資，都會提請檢察機關偵辦。

民進黨立委王定宇質詢時也關切，該辦公室是否隸屬中國的黨政組織？陳進廣表示，以中國法律來說，所有組織都在黨的控制下，沒有所謂民間組織，且中共目前相當缺乏半導體等科技人才，缺口至少60萬人以上。

教育部則發布聲明指，有關清華海峽研究院於國立清華大學校內設置新竹辦公室，已在今年10月26日接獲陸委會來函，認有違反《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》規定，11月4日函請國立清華大學校友總會及國立清華大學，就該新竹辦公室從事活動情形查察報部。本案將依據《兩岸條例》進行裁罰。

針對清華大學將校內空間租供清華海峽研究院，作為辦公處所部分，教育部已督導國立清華大學依該校場地設備管理使用相關規定，針對本案違背法令情事，立即停止其使用並即刻撤離。