具中共背景的清華海峽研究所，在台灣清華大學設立辦公室，因涉違《兩岸條例》引起輿論，世新大學12日也被爆才藝大賽的伴唱帶歌單中，有多首中共官方宣傳歌曲，引起眾多討論。

國立大學校院協會暨私立大學校院協進會聯合聲明指出，大學的存在，是為社會探索未知，以使全體社會長期獲益，因此憲法特別賦予大學較社會各部門更大的自由保障。故政府對大學的管理，應以低密度為原則。如果嚴刑密法，大學必然動輒得咎，而其咎往往就是大學所需要的自由。若大學只能執行行政機關的意志，就失去了大學的天職。

公私立大學協進會說，如果因政策轉變，而將大學多年前公開合法的活動，編排入罪於今日，對大學將造成傷害。政府對於所使用的法律，必須明辨其適用性，並審慎其保留與比例原則。

公私立大學協進會表示，政治是一時的，學術是永遠的。古今中外，學術經常不見容於一時的政治環境，那就是考驗社會是否進步、文明能否永續的時刻。過去的殷鑑俱在，因政治需要而壓迫大學，歷史證明那些壓迫都是錯誤的。

教育部對此回應，《大學法》第1條第2項明定「大學應受學術自由之保障，並在法律規定範圍內，享有自治權。」教育部向來尊重大學在教學服務研究各方面的自治事項，也鼓勵正常有序之學術交流，但不能違背相關法規。高等教育需要大量運用政府公共資源，透明可稽的課責制度亦為社會所期待，教育部除尊重大學自主外，亦強調大學自我課責，期待大學能夠善盡社會責任。

教育部說，關於國立大學校院協會暨私立大學校院協進會提出之呼籲，教育部重申，《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》原本針對兩岸教育交流就有明確規範，呼籲大學在進行兩岸教育交流時，要遵循法令規定；例如有須先經主管機關許可的事項，務必依規定申報，以免觸法。