近期有許多兒童確診染疫後中重症個案出現，外界也關切兒童接種疫苗的情況，自兒童疫苗開打後，各縣市紛紛積極推動，在取得家長同意後，為兒童接種疫苗。有議員關心兒童施打率，調閱5至11歲疫苗施打接種率統計，發現台北市在六都中是最後一名；指揮中心31日也公布六都兒童疫苗接種情況，在完成第一劑接種率中，台北市也是僅最後一名，只占26.6%。

柯文哲31日赴市議會進行總質詢，台北市議員苗博雅針對兒童疫苗議題質詢，苗博雅指出，台北市的兒童疫苗施打嚴重落後，對此，柯文哲表示是莫德納家長抽單太多，對於柯文哲的回答，苗博雅認為抽單情況全國都一樣，而且台北市醫療資源最多，再繼續問何時可以到前段班，柯文哲則說，等6月3日全部打完，施打率應會有所不同。