根據日媒《FLASH》報導，日航向記者證實，JAL516班機上有2隻乘客託運的寵物，但很遺憾的是，寵物沒有獲救，在此表達哀悼之意，「我們將寵物當成乘客的『家人』一樣照顧，對於此事造成擔憂及不便，向乘客、其家屬及所有相關人員表達最深的歉意」。

日航透露，寵物雖然被當成行李運送，緊急狀況之下只能以人命為優先，不過日航寵物運輸環境都有遵循獸醫等專家建議，貨艙內保持跟客艙一樣的溫度、濕度，儘量讓寵物感到舒適，為安全運輸盡最大努力。

另外，日航在事發後啟動乘客賠償措施，日航向《讀賣新聞》表示，每位乘客都會收到補償，不過沒有透露金額，一名乘客則在社群平台稱，日航向每個人提供10萬日圓（約2.2萬元）慰問金，和10萬日圓（約2.2萬元）的行李賠償金。