檢方查出，李文宗任職台北捷運公司董事長時，竟與柯文哲共同違背職務，以政治獻金之名收受沈慶京不法賄賂。此外，又以木可公司名義侵占數千萬政治獻金，且積極指示妹妹李文娟銷毀木可公司損益表，犯後態度不佳。

檢方對他具體求處：

1. 其所犯對於違背職務之行為收受賄賂罪嫌，量處有期徒刑10年，併科罰金1,000萬元，褫奪公權5年。
2. 其所犯公益侵占政治獻金罪嫌，量處有期徒刑5年。
3. 其所犯對眾望基金會背信罪嫌，量處有期徒刑2年4月。

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