蘇貞昌在補充報告中表示，面對國內外疫情隨時變化，指揮中心全年無休，開會時間不分晝夜，有時召集相關官員面報、討論後，形成共識就立即付諸實行，過程並不會製作會議記錄，行政部門開會也不是每場都有會議記錄，「這是行政機關慣常運作模式，並非沒有會議紀錄就是疏忽草率」。
蘇貞昌指出，外界有人質疑指揮中心將機組檢疫模式改為3＋11，是導致華航諾富特群聚案，進而引發國內本土疫情爆發，但經過逾3個月廣泛疫調，針對相關機組員、飯店員工及其同住家人共1,790人進行居家檢疫後採檢結果顯示，並無職場或家庭以外的社區接觸者確診，蘇貞昌說明，因此沒有證據顯示機師及諾富特群聚感染事件，與後來發生的社區疫情有相關連結。
蘇貞昌說，他作為行政院長，要負全國最高行政責任，確實看到有國人因疫情受苦，甚至死亡，對於給國人照顧沒有做到百分之百好，基於對生命的尊重，對每一條寶貴生命的消逝，他都深感遺憾與抱歉。
蘇貞昌也表示，立委及社會各界的指教，行政院會虛心檢討、持續改進，也希望國人同胞給指揮中心、政府最大支持。
