指揮中心19日公布「六都接種量能表」，直指北市的接種量能在六都墊底。對此，台北市副市長蔡炳坤20日強調，中央通知北市41萬人預約第一階段，第二階段卻僅通知18萬人，質疑中央分配不均，才會導致民眾無法預約，但他也強調，北市醫療量能充足，民眾就算第一階段沒預約到，第二階段也可預約到。

柯文哲20日赴議會質詢時，台北市議員王欣儀表示，北市在六都的接種量能在墊底，就連指揮官陳時中也喊話要北市「多努力一些」，被中央看笑話，會不會覺得不甘心？柯文哲表示，中央和地方應該要更好的溝通，以往經驗來說，預約量都沒有打滿，因此醫院不願再開放名額，認為「這是溝通不良案例」，以後會想辦法提出地方的困難之處。

徐巧芯則質疑，疫苗接種人數增加，北市卻沒有增加施打地點及量能，才導致民眾無法預約接種。柯文哲回應，中央通知北市41萬人預約第一階段，第二階段卻僅通知18萬人，他認為：「這是給大家找麻煩」，中央應該平均分配每階段30萬人。

針對民進黨前主席卓榮泰指北市接種政策是「低智商的決策」，柯文哲則表示，疫苗分配後，地方政府可以打沒問題，但是配對系統是由中央管制，他覺得是溝通不良，北市會再想辦法改進，但他也強調，中央沒有疫苗政策，如果可以清楚每個月獲分配的疫苗數量，地方政府就能夠調整及準備。