台大93年週年校慶，校長管中閔象徵性為文學大師白先勇舉行撥穗典禮，台大校長管中閔表示：「歡迎大家蒞臨台大93週年校慶慶祝大會。」致詞表情顯得嚴肅，將大學轉型和校園永續，當成台大未來發展重點。

只是一下台，被問到近來的「清大事件」，管中閔則回覆：「請問教育部什麼資格來徹查？教育部可以請大學來查，這是屬於大學學術、大學自治的一部分，他可以請我們，我們不是教育部所屬大學，所以站在尊重學術自由的立場上，不應該讓政治力隨便去涉入這樣子的議題。」

之前陸委會指出，清華海峽研究院有中國官方背景，必須撤出新竹清大，教育部還揚言徹查各大學與中國交流情形，這讓管中閔難以接受，認為政治力伸進校園，要求政府尊重大學自治。

文學家白先勇也認為：「我覺得學校裡面的自由風氣很要緊，政治不應該侵犯到學術界裡面去。」而行政院長蘇貞昌則表示：「政府非常尊重學術自由，但是中國共產黨的任何組織，要在台灣大學裡面設立分支機構，都不被容許，國人也不會接受，民主國家也是法治國家。」

事件發酵一天，大學自治的聲音，演變成立院藍綠之爭，國民黨立委林為洲說：「政治力進到校園，這個是很不好的印象，也是違背民進黨當時追求的價值。」

民進黨立委劉世芳認為：「台灣有《反滲透法》，有《兩岸人民關係條例》，每一個行政機關都是需要遵守的。」當初鼓勵兩岸交流，如今卻似乎成了大學原罪，校園是否染紅爭議，學術自由與統戰陰謀，從教育問題上升到政治論戰。