松本清目前全台有17間分店，遍布台北、桃園、新竹與台中等地，其中2019年6月5日盛大開幕的西門町觀光旗艦店，當時看準國際觀光客商機，店內設計不但仿照日本秋葉原門市，還提供外語人員服務、外語標示與退稅服務等，但如今分店資訊已從官網上悄悄下架。

松本清西門町觀光旗艦店位在西門町峨眉街與武昌街二段50巷交叉口的「黃金店面」，附近為徒步區、人潮眾多，也有許多老牌日本料理店，整棟月租推估約120萬元。不過11月就已推出部分商品5折活動，恐怕是為結束營業做準備。

目前松本清在台北仍有12間分店，包含忠孝敦化店、誠品南西店、行天宮店、CITYLINK南港店、微風信義店、微風南京店、微風台北車站店、中山國中店、北車板南店、微風南山艾妥列店、內湖東湖店與美麗華店等；桃園則高鐵店、統領店；台中為台中一中店、台中一中店；新竹為新竹巨城店。