台南市相隔212天再度出現確診個案，令當地疫情拉警報，黃偉哲呼籲民眾戴口罩、勤洗手、保持社交距離、打疫苗，不過防疫措施的重中之重更是實聯制，黃偉哲認為實聯制若做得不確實，疫調與追蹤傳染鍊會變得困難，因此台南市為守護市民健康，將以「最嚴格手段」落實防疫措施。

不過相較於黃偉哲的強硬，陳時中對實聯制則採規勸跟鼓勵態度，曾提到實聯制「並非強迫制，也沒有罰則」，甚至說到「否則被罰的人可能很多」。但陳時中仍多次在疫情記者會上再三強調實聯制的重要性，包含建議民眾不要以1人為代表，在實聯制簡訊中加上同行人數，以避免疫調出現時間差、讓追蹤傳播鏈的腳步變慢。

黃偉哲26日再度對開罰一事做出回應，先指出從去年5月11日至今年1月24日，台南市就已經開出300多張罰單，雖然尊重陳時中部長的說法，但稽查與開罰屬地方政府之權責，也已經執行一段時間，因此直言：「怎麼會無法可依呢？」而最終也說會再跟陳時中報告。

台南市衛生局也表示，民眾於餐飲場所沒有掃描實聯制的話，已明顯違反《傳染病防治法》，可處3千至1萬5千元的罰鍰，去年也曾針對未落實實聯制多次聯合稽查並開罰。另外台南市衛生局也提醒，業者若沒有提供實聯制資訊就會開罰，但若提供實聯制資訊、消費者卻仍未遵守，就只會開罰行為人。