前總統陳水扁4月7日：「生吃都不夠，怎麼可能曬乾，因公支出大於因公收入，沒有不法。」前總統陳水扁這個月初大動作開記者會，強調國務機要費都用於因公支出，沒有貪污。

前總統陳水扁長子陳致中4月1日：「謝謝大家，謝謝大家。」國務機要費案纏訟超過15年，如今民進黨團推動修法，拿出馬英九的市長特別費案做比較，但是兩者真的一樣嗎？

律師劉韋廷：「特別費跟機要費國務機要費，其實在他使用上還是有很大差異，是因為涉及到一些能不能說明的機密問題，因為陳水扁總統難以舉證有一些花費，到底是花在哪裡，所以是被認為說你是不是放到自己口袋。」

當初馬英九無罪關鍵，在於「大水庫理論」，因為特別費案不是實報實銷，只要因公支出大於收入，足以顯示沒有貪污意圖。民進黨立委郭國文：「國民黨當初刻意排除阿扁，所以刻意把他特異化特例化，現在又反過來針對說，你是針對個人修法，不是。」民進黨立委鍾佳濱：「沒有把國務機要費這五個字放進去(會計法)，造成了他跟其他首長的特別費一樣方式處理，這顯然是獨漏而不是獨厚。」

雖然特別費跟國務機要費都是首長的公務支出，不過馬英九是在案件無罪定讞後，立院才修會計法除罪化，而陳水扁更一審遭判有罪，目前案件仍在審理中，因此引發爭論。法務部次長蔡碧仲：「如果有確實需要的救濟的，即便是一個人，你也要給他救濟的機會，這才是法律的尊嚴平等的真諦。」

另外有資深媒體人透露，綠營推動修法其實不是為了阿扁一人，而是馬永成跟林德訓，身為扁幕僚「被境管十幾年限制」，不過案件關乎前後兩任總統，藍綠各有立場，想要理性依法論法， 恐怕沒有那麼簡單。