交通部13日表示接獲消息後著手調查，初步判斷為當日凌晨鐵道局東工處此施作「南平-萬榮雙軌化工程」，導致台鐵路線發生10公尺長路線出現路基軟弱現象，因軌道不平整，以致列車經過時產生晃動，當日已緊急派員修復並進行加固工程。

交通部針對該事件，將在本週成立專案小組，調查鐵道局及台鐵局相關人員是否依照本案相關法規及標準作業程序進行各項作業，防止類似事件再度發生。

因疑似鐵道局施工而出現此情況，運安會在12日派員前往台鐵取證，經會議討論後，認為該事件事態嚴重，對於人員、乘客安危造成重大影響，因此將此案列為「重大鐵道事故」調查，會從鐵道局工程施工前後的管理，以及是否有依照SOP進行等方向來做調查。

運安會執行長林沛達14日指出，該起事件還滿嚴重的，若某些角度不對，就會出軌；另外調查大約需要半年的時間，之後還有行政程序、委員會審核程序要進行，待事實資料、調查報告完成，會再對外公布。