刑事局去年12月接獲情資，稱陳建寧將走私軍火來台，透過駐菲律賓代表處通報菲律賓警察總署、緝毒署、移民署等執法機關協助追緝，本月1日菲國警方對陳建寧位於馬卡蒂市的住處攻堅，現場還有吳姓、楊姓毒品通緝犯，及陳建寧的姪子。

菲國警方於20日晚間，又在一處公寓查獲85把各式長短槍、彈匣及超過6500發子彈；由於公寓的台籍屋主扛下擁有槍枝刑責，陳建寧在菲國境內短期無其他犯罪事證，依法遭驅逐出境；由菲國警方押送陳建寧到馬尼拉機場，待陳建寧進入出境空橋時，刑事局人員再將他押解登機返台。

2001年陳建寧與林鴻文、王天賜3人，涉嫌綁票嘉義某營造公司陳姓商人，向家屬勒贖6,000萬，陳姓商人趁隙逃跑勒索未果；嘉義地方法院依擄人勒贖罪、懲治盜匪條例判他9年徒刑，但他未入監服刑即潛逃境外遭通緝。