鑑識人員9月1日至18日間在太魯閣號車廂內發現44件疑似罹難者的骨骸，經DNA鑑驗後，37件檢出罹難者身分，4件骨骸因DNA量微致無法檢出，另2件疑似礦物，1件疑似木頭，比對後共計與10名罹難者相符，花蓮地檢署已研擬相關發還、處理作業程序，將主動與罹難者家屬聯繫，並個別告知骨骸比對之結果，並以尊重罹難者家屬意願之方式，協議骨骸處理相關事項。

太魯閣號出軌意外造成49死、213人受傷，事隔逾2年車廂仍遺留罹難者的遺骸與遺物，對此台鐵表示，事故發生後，檢警、運安會等單位封鎖事故現場，法院仍在審理此案、運安會也在調查，且尊重家屬訴求原狀保留車廂；運安會則說事發後派18位人員進車廂調查，但不影響其他單位作業，包含清理車廂，雙方互踢皮球。

行政院日前召開會議檢討，會中責成交通部、台鐵局、運安會、檢、警、消防等所有參與調查單位，檢討是否未盡周到之處；並向家屬致上最誠摯致歉，並會針對家屬的疑問，再次清楚說明事件處理經過。