綜合日媒報導，東京消防廳指出，日航客機大火已於當地時間3日凌晨2點15分撲滅，客機上379人全部逃生，有14人嗆傷或擦挫傷，其中4人傷勢較為嚴重，後續送醫治療。不過，海上保安廳機上6人，僅機長重傷逃離，其餘5人罹難，而該架飛機原先預計前往新潟，運送地震賑災物資。

東京警視廳表示，整起事故將朝「業務過失致死」方向進行調查，3日成立特別搜查本部，針對此事件的相關人士進行詢問，釐清事故發生的詳細經過。日本國土交通省2日晚間召開記者會，認定此事為「飛安事故」，國土交通省民航局長平岡成哲表示，日航JAL516班機降落時，跑道上有架海上保安廳飛機，兩機因此發生擦撞，目前還無法確認事故發生主因。

不過國土交通省指出，事故中日航客機是正常降落，日航常務執行官青木紀正在記者會上，先向大眾以及受到影響的相關人員致歉，也對5名海上保安廳罹難者致哀。青木紀正表示，JAL516降落時，有獲得塔台的降落許可，他認為此次事件的主因可能是航管溝通有誤，但目前事件還在調查中，不方便多做回應，相關損失金額還在估算中。

日本國家運輸安全委員會事發後派遣6名航空事故調查官，今（3日）開始調查整起事故，了解飛機和塔台飛航管制員之間溝通情況，國土交通省也表示，事故發生前塔台人員曾向日航下達允許進入跑道，不過也對海上保安廳下達將飛機駕駛到跑道前的指示。