民眾黨主席柯文哲今（3日）中午在民眾黨中央黨部主持會議，被問到澎湖漁船被中國扣押一事，柯文哲表示，中國如果要作為一個負責任的大國，有事情要出來講清楚，更直言「你隨便一個國家扣留另外一個國家，那你總要出來說明」。另外，有媒體詢問，外界揣測中國此舉是為了報復總統賴清德，柯回應，猜測這些都沒有用，這要中國方面出來說明情況。
柯文哲也在臉書粉專針對此事發文，呼籲中國方面釐清真相並儘速公開說明、釋放人船，不要造成後續負面影響。他認為，兩岸應該要啟動正式溝通管道，避免類似事件一再發生，兩岸彼此敵意有增無減；如果中國主張是合理執法，也應該說明清楚台灣漁船違規事實，不應讓政治力影響兩岸漁業常態，放任兩岸之間對立情緒滋長。
行政院發言人陳世凱今（3）日表示，我國被帶走的漁船，是在晉江深滬11海哩遭到中方登檢，並扣押帶往金門東北方的圍頭港，事發地點在中方管轄海域內，登檢地點也在中方海域，我國海巡單位雖第一時間前往協助處理，但因深入對方海域，為了避免衝突升高，只能停止緊追，提醒漁民提高警覺，不要違反中國有關伏季休漁規定，同時呼籲中國體恤漁民為求生計涉險捕魚的辛勞，期望中國儘快釋放我國人船，確保人員平安。
