教育部次長張廖萬堅說，這起事件不管是台北市政府發布的新聞稿或是家長陳情新聞的相關描述，「確實發現台北市政府在程序跟調查上，有很多應該做但沒有做的部分」，認為這類重大案件，身為第一線地方主管機關應該提高警覺，尤其是幼兒的表達能力不清，在調查方面可以用更多元方式。

張廖萬堅指出，教育部早在2021年，也就是幼兒園首度出現家長指控狼師前，就函知直轄市跟縣市政府「教育部強化幼兒園發生性別事件通報調查處理機制」，特別針對幼兒園發生疑似幼兒遭受侵害事件通報的處理程序，裡面就告訴地方政府可以暫時停職；程序指出是在司法調查期間，未具教師身分之教保員與助理教保員，提經學校直轄縣市政府主管機關性平會或認定委員會的決議，可以命該教保服務人員請假或暫時離開校園現場，並靜候調查，以維護幼兒權益。

「教育部強化幼兒園發生性別事件通報調查處理機制」明確規定，第一，要做法定通報跟校安通報，24小時內要向直轄市及縣市政府的社政單位跟校政單位通報；第二，啟動危機處理機制，結合相關工作網絡，包括社工、醫療、家防中心介入，進一步釐清案情並給予幼兒跟家長進一步的協助；第三，經過這些程序介入、做實質調查後，該移送司法的移送司法，該做行政處分的要做行政處分。

台北市教育局僅稱在這案件上不足以提列立案，但三個程序之後最後要有一個結案備查，「這也是為什麼家長說一直得不到這件事情調查的過程」。他表示此案地方政府有沒有善盡責任調查，是本案非常重要的重點，教育部會進一步再跟台北市教育局釐清，當時做行政作為時，是不是有法令認識不足。