台灣高等檢察署抗告指出，依《刑事訴訟法》第298條之1的立法意旨，高院在停審裁定中「本裁定不得抗告」的諭知，明顯違背法理，應接受上級法院的審查，請將原裁定撤銷，另為適法裁定。

針對高檢署的抗告，台灣高等法院認為，本案依司法院釋字第371號、第572號、第590號解釋，裁定停止訴訟程序，核屬關於訴訟程序的裁定，且非屬《刑事訴訟法》第298條之1明文規定得提起抗告之裁定，例如心神喪失停止審判、因有相關之他罪判決停止審判等裁定。高院裁定指出，檢察官提起本件抗告，違反《刑事訴訟法》第404條第1項「有得抗告之明文規定者」，應予駁回，不得抗告。

而在一審判決出爐後，內政部依《地方制度法》直轄市長涉犯貪污治罪條例，經第一審判處有期徒刑以上之刑者，予以停職停薪處分。高院宣布停審，內政部解釋，原判決處分效力還在，高虹安停職狀態沒有改變，至於2026年是否有望拚連任，內政部長劉世芳日前受訪直言不知道，因為不曉得憲法法庭或高院合議庭何時會結束。