總統府21日公布司法院正副院長及大法官被提名人，黃國昌質疑提名高檢署檢察官蔡秋明當司法院長是要重回審檢一家親的年代，當時柯建銘表示檢察官擔任司法院長當然不妥，但他也表示名單是經過審薦小組通過，相信總統賴清德會很慎重。

柯建銘今（23日）天在民進黨團記者會中再度回應，指21日當天早上10時30分受訪，當下並不知道總統已公布大法官提名，還以為黃國昌有內線才知道誰要當司法院長，柯建銘指出，大法官可以是憲法學者、司法官、律師或檢察官等，過去也都有案例，但民進黨政府提名都會被封殺，而總統基於對憲法職權尊重必須補提。

柯建銘表示，當天在完全不知情的情況下，「當然覺得檢察官當司法院長（不妥）」，但在瞭解提名邏輯背景後，柯建銘認為名單非常正確，也強調「黨團包括我以降，絕對全力支持，請不要再見縫插針」。