台灣蠻野心足生態協會律師蔡雅瀅曾在11月18日表示：「我們僅僅請求，希望在燃氣接收站的選址上，能夠不要去犧牲我們珍貴的生態。」前環保署副署長詹順貴在11月24日則表示：「我相信它（三接）對於藻礁、生態系的影響，已經降到最低。」曾經是肩併肩的環團盟友，如今卻因為藻礁跟核四兩公投案，引爆環保團體內戰。

藻礁公投以保護環境為訴求，在連署階段獲得不少環保團體大力支持，但在公投成案後，經濟部宣布三接再外推方案，希望在顧及環境生態同時，也能兼顧能源轉型需求，這說服了不少過去力挺藻礁公投的環保團體，甚至還有學者因此轉向擔任反方代表，從當初協助公投連署過關，到如今公開支持政府方案。

綠色公民行動聯盟專員魏揚：「以我們綠色公平行動聯盟，作為環保團體的一員，我們現在立場會覺得是說，從能源轉型的角度，減煤減碳的角度，那三接的興建是有它必要性，那當然就是說怎麼樣能夠減少？盡可能減少對於藻礁生態的破壞，這個也是非常重要的事情。」

前環保署副署長詹順貴也說：「三接這個外推方案，它除了可以兼顧整體社會經濟的各種需求之外，最重要就是說它可以把減煤、減碳、減空汙這樣子的多元環保價值，做了一個最大化兼顧，這也是為什麼我後來改支持外推方案的原因。」

珍愛藻礁公投領銜人潘忠政則表示：「他（詹順貴）現在去支持外推方案，違背了我們原來一起在努力，要守護藻礁這樣的核心價值，我覺得這個是我們遺憾的地方。」

為何一樁生態保育的公投案，竟讓環團分裂，昔日戰友撕破臉？背後原因在於，珍愛藻礁公投案，雖然與核電沒有直接關係，但大家心照不宣的是，藻礁案一旦通過，在增加燃煤不符國際趨勢，與民意支持的情勢下，很可能衍生出核二、核三延役的選項，所以這次公投讓反核環保團體如臨大敵，就怕核電「復辟」，因此也有不能輸的壓力。