由於柯文哲在流標前明確裁示「減項發包及追加預算」，用意恐在規避議會監督，加上他前後僅花4個月就完成125億元招標案，除了速度快得驚人，讓不少藍綠議員瞠目結舌，更質疑他為連任之路及和建商打好關係，才膽大妄為大放送。之後，全案又經4次契約變更再追加11億元工程款，市府也以擴充方式再編列近50億元給中工，讓魚果市場整體工程預算高達189.9億元。
對此，前台北農產運銷公司總經理吳音寧指出，當年魚果市場改建工程在設計階段，她曾提出節省11億元的新方案，柯文哲不僅未採用，還怒罵她，她回想2017年10月18日，台北市議員應曉薇曾到市場進行改建會勘，當時跟在應身邊的「顧問」，就是因京華城案被起訴的吳順民。
吳音寧還透露，魚果市場在設計階段，她曾在市府多次內部會議建議，樓層應挑高讓空氣流通，以及交通動線應順暢等，好讓南部北上的貨車卸貨後可以馬上駛離，符合拍賣市場的運作需求，為此，她還曾率北農團隊到日本市場考察，這些都是舊方案沒注意到的。
舊方案設計有大型的會議空間、大禮堂及員工宿舍，許多第一線人員認為，不需要大型會議空間，吳音寧也以市場營運為主的立場提出建言，但柯文哲一直置之不理。
2018年8月，市議員簡舒培在議會質詢時問柯：「是否知道，有個新版的改建方案，能節省11億元？」「有比較便宜的方案，為什麼不採納？」詎料，柯不但反應很大，還當場動怒罵她（指吳音寧）懂什麼東西？「是在指控我們貪汙是不是？」如今看來明顯有詭。
知情人士告訴本刊，減項發包再追加預算的招標手法極為罕見，柯文哲過去常說：「財政紀律不能追加預算，很多的公共工程都是用追加預算來圖利廠商。」所以在他任內不要追加預算。即便市議會點頭同意花大筆預算讓中工接手蓋好完整的8樓市場，工期也可能延長，但追加預算等於綁架議會必須買單，否則，魚果市場若無法如期完工，恐淪為爛尾樓。
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